港澳台事务办公室专为涉及港澳台事务而设，港澳台事务办致力于建立和保持南京信息工程大学与港澳台地区大学和教育机构的联系与合作，协调和协助各学院邀请来校交流、访问、讲学、学习的港澳台地区学者、教师、学生的接待工作，接待港澳台地区人员的来访，办理校内人员因公赴港澳台地区的派出手续和港澳台地区人员来校的邀请手续等。
港澳台事务办公室职责是：
一、学校与港澳台合作交流的总体规划协调
1. 贯彻、执行和宣传国家及上级主管部门有关港澳台工作的各项方针政策。
2. 制定学校与港澳台合作交流工作的各项规章制度并负责检查、督促与落实。
3. 制定学校与港澳台合作与交流的工作计划、经费预算和规划并组织实施。
二、港澳台贵宾来访接待与我校出访
1. 安排接待港澳台代表团组、友好人士的访问及参观活动；协调临时来访专家学者和友人讲学、研究及友好访问的组织与接待工作。
2. 我校代表团赴港澳台高校和科研机构的组团计划、落实、安排和组织工作。
3. 负责办理教职工因公赴港澳台的审批、报批手续及因公出境人员往来港澳通行证和往来台湾通行证的管理工作。
三、港澳台合作交流项目的拓展与运行
1. 寻求与港澳台地区高校、科研机构、民间团体及商业机构间的合作，拟订合作交流协议或合同，推动合作双方签订协议或合同。
2. 负责拓展与港澳台地区的学生交流项目，并根据相关政策，组织、协调、监督学校各学院做好学生赴港澳台交流项目。
3. 协调、管理学校涉及港澳台地区的合作办学活动。
4. 协助学校相关部门做好教师和科研人员赴港澳台进修培训、学术交流、科研合作等。
四、港澳台合作与交流的宣传与推广
1. 会同校办及宣传部门做好学校对港澳台宣传工作，包括各种涉港澳台宣传资料的制作工作，树立学校良好的形象。
2. 负责学校港澳台学生联招计划的申报，协助学工和教务部门做好港澳台学生招生、录取和日常管理工作。
3. 为我校师生赴港澳台学习、交流提供相关的信息、咨询和各项服务工作，负责为赴台交流学习的师生提供政策方针的宣传和指导。
4. 做好各类港澳台档案资料的归档管理工作。
五、完成学校领导交办的其他各项工作
